werd in 1940 geboren te Helmond. Na een gymnasiumopleiding studeerde hij aan het Brabants Conservatorium te Tilburg de hoofdvakken piano (bij Paul Niessing) en orgel (bij Hub Houet). In 1963 behaalde hij de onderwijsakte B piano en in 1965 het solodiploma orgel. Hij won prijzen bij improvisatie-concoursen te Bolsward en St. Albans (Engeland).

Sinds 1957 is Kees van Houten organist van de St. Lambertuskerk te Helmond, waar hij het historische Robustelly-orgel uit 1772 bespeelt. Van 1971 tot 1992 was hij hoofdvakdocent orgel aan de Hogeschool voor de Kunsten, Faculteit Muziek, te Utrecht.

Samen met Marinus Kasbergen maakte Kees van Houten vanaf 1972 een diepgaande studie van de getallensymboliek in de muziek van J.S.Bach.
Deze studie resulteerde in het boek "Bach en het getal" (1985) en "Bach, die Kunst der Fuge en het getal" (1989) (beiden in 1991 vertaald in het Frans).

Vervolgens publiceerde hij in de serie "Van Taal tot Klank" muziek-psychologische beschouwingen over belangrijke koraalbewerkingen voor orgel van Bach: achtereenvolgens het Orgel-Büchlein (1992), het "Dritter Theil der Clavier Übung" (1997) en de Leipziger Orgelkoralen (1997). Deze uitgaven werden gecompleteerd met CD-opnamen van deze werken op het Robustelly-orgel te Helmond.
In dezelfde serie verscheen in 1998 het boek "Ich kenne des Menschen nicht", over de Kruisvorm in Bach's Matthäus-Passion (in 2000 vertaald in het Duits) en in 2002 het boek "....propter magnam gloriam tuam" over Bachs Hohe Messe (in 2004 vertaald in het Duits).

Als concerterend organist treedt Kees van Houten op in binnen- en buitenland.
Een heel bijzonder karakter hebben zijn concerten "Bach rond de speeltafel". Indien mogelijk zit het publiek rond de orgelbank en ziet de organist spelen. Per werk wordt uitgebreid uitleg gegeven over de compositie en een thema of koraalmelodie apart voorgespeeld. Bij koraalbewerkingen wordt de relatie tekst-muziek behandeld.

Daarnaast geeft Kees van Houten zowel voor vakmensen als voor amateurs en leken  lezingen, workshops en interpretatiecursussen in Nederland en daarbuiten, met name over de muziek van Bach en heel speciaal over onderwerpen als  Ars Retorica (relatie tekst - muziek) en  het  eeuwenoude Pythagoreïsche en Middeleeuwse drieluik Muziek - Getallenleer (Arithmetica) - Kosmologie.